Sva rešenje o visini obaveze za eko taksu i instrukcije za plaćanje, Lokalna poreska administracija (LPA) dostavlja poštom bez obzira da li je prijava podneta elektronski ili u pisanoj formi. Rok za uplatu dospelih obaveza je 15 dana po prijemu rešenja. Mesečne rate zaduženja se mogu videti na portalu LPA.
Iznos eko takse određen je na godišnjem nivou. Plaća se u 4 tromesečne rate. Taksa se ne plaća za vreme privremenog prekida obavljanja delatnosti objavljenog u APRu po podnetoj prijavi za eko taksu.
Rok za plaćanje akontacija je do 15. u mesecu za prethodna 3 meseca (npr. 15. aprila za period I-III) . Akontacije nastavljaju da teku i u narednoj godini, dok se ne uruči novo rešenje. Račun i poziv na broj se ne menjaju. Za plaćanje eko takse šifra plaćanja je 153 za gotovinske uplate, odnosno 253 za uplate sa računa.